Three-dimensional chromatin landscapes in T cell acute lymphoblastic leukemia

​ 染色质3维结构的差异会影响TADs(topologically associating domains)的完整性，使得特定的增强子和启动子发生互作，从而影响基因的表达、导致疾病的发生。通过使用人类中白血病样本，并且检测在药物施加后染色质结构的变化，整合原位Hi-c、RNA-seq、CTCG Chip-seq等多种数据集，揭示了白血病细胞中TAD内部的交互、TAD边界的结缘效应的差异。本文研究发现：TAD的 ‘fusion’事件与CTCT的缺失存在关联，TAD的合并事件也直接导致MYC基因去远端超级增强子之间发生互作。同时作者也发现，小分子药物通过靶向癌症相关基因或是对应的表观调控过程，最终能够改变白血病细胞中特定的3D交互。

MCScanX的简介

MCScanX：Multiple Collinearity Scan toolkit是一种算法，扫描多个基因组或亚基因组，以识别假定的同源染色体区域，然后使用基因定位这些区域。它的速度很快，操作简单，便于使用，是我们在进行基因共线性分析时的一个利器。

今天我们就来学习一下如何使用这个利器来帮助我们分析生物学问题

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circos的简介

​ 众所周知，生物信息学是一个以庞大的数据量为基础的学科，这也就是使得结果的可视化变得有些困难，随着生物信息的发展，其辅助分析工具也迅速增多，Martin Krzywinski等人开发的Circos就在一定程度上解决了可视化困难这个问题。Circos是一个可视化数据和信息的软件包。它以圆形布局可视化数据——这使得Circos非常适合探索对象或位置之间的关系。它是创建高质量信息图表和插图的理想工具，具有丰富的分层数据和令人愉快的对称性。你可以根据你的受众调整其焦点和细节并且可以很好地控制图中的每个元素，此外，其具备高度自动化的特点，是由纯文本配置文件控制，十分的方便快捷。

差异表达基因

​ 生物学上不同样本之间的表达差异时服从负二项分布的，RNA-seq中得到的基因表达水平是抽样过程中的一种离散形式。在测得的reads总量一定的情况下，表达水平越高的基因在抽样过程中所占的比例就越高，有些低表达的基因也有可能无法被检测出来。在得到基因的表达量之后，根据实验设计对不同样本之间基因进行差异表达分析

1. 同物种、不同组织间的比较
2. 同一物种、同一组织、在不同处理下的比较
3. 同一组织、不同物种间的比较
4. 同一组织在不同时期间的比较

​ 通过差异表达分析，发现组织特异性、时期特异性、物种特异性的基因表达模式。通过GO功能富集、KEGG分析发现基因在细胞中参与的代谢和具体的功能、基因与基因之间的互作等。

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