Abstract

区分玉米不同单倍型的遗传变异对研究等位基因的功能和群体遗传分析，基因组的解析有着重要的作用。使用全长cDNA测序，在isform水平对两个玉米自交系品种和对应的杂交品种进行分析。通过使用IsoPhase方法，在胚胎、胚乳和根组织中验证了大多数从二代数据called SNP；并且在自交系与杂交后代之间鉴定了在等位基因间特异的、基因水平、isform水平的差异表达。在互惠杂交后代中，经过分型后对6907个基因注释了SNP，鉴定了大效应基因。并且，在不同的组织中鉴定了亲本起源的isform，杂交后代中独特的isform，印记基因。最后，作者表征了顺式和反式调节作用的变化。

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Population Genomic Analysis and De Novo Assembly Reveal the Origin of Weedy Rice as an Evolutionary Game

​ 杂草水稻具有很强的入侵性、再生能力以及与栽培稻竞争资源；同时又缺乏有效的除草剂进行控制；使得它成为稻田里的主要威胁。但与此同时，作为栽培稻的近缘物质，杂草水稻又具有与野生水稻类似的特征；这就使得杂草水稻作为理解水稻驯化和改良的良好模型。对于杂草水稻的起源以及它的一些特有属性的形成仍旧是未知的，在对亚洲的低纬度地区的杂草水稻研究后，认为有一部分基因是从野生品种中流向杂草水稻的。

​ 在当前日益变化的气候和人口增长情况下，从杂草植物中克隆优良基因到作物中，能够提供农作物产量解决粮食安全问题。但是还存在一些限制因素，由于缺乏基因组信息，使得发掘优良基因和解析其遗传基础变得十分困难。

​ 高纬度地区的杂草水稻相比与栽培水稻经历着更强的自然选择压，因此可以用它的遗传资源来改良栽培稻的生态适应性。

癌症中基因组的重排对染色质折叠的影响

Abstract

基因组的构象在细胞核内是分层次的，其中TAD被认为是最能代表功能的区域，因为在TAD内部包含着可以去调控基因的调控元件，TAD边界区域的扰动可能会使相邻的TAD发生异常的交互从而去影响相邻基因的调控，相关的一些研究表明，基因组的重排现象会使得TAD的结构发生改变从而影响基因的调控，这篇文章就去探究在不同的肿瘤组织中不同的结构变异对于TAD以及基因表达的影响，从而帮助我们更好的理解染色质的折叠和基因组的重排之间的关系。

指导植物RNA聚合酶II转录的‘GPS’

组蛋白翻译后的修饰，通过调节转录过程中RNA聚合酶II的动态变化，塑造了基因的表达图谱。转录分为转录起始、延伸和终止等阶段，在植物中能够标识特定转录阶段的组蛋白修饰仍旧比较模糊。通过CHIP-seq技术，能够得到全基因组上组蛋白修饰的分布；并且发现了一些能够指导RNAII转录的基因组位置信号（GPS）。同时阐明了一些组蛋白修饰因子（readers、weiters、erasers），在基因表达和生物学上的作用。在不同的转录阶段，RNAPII有着不同的功能，这可能与组蛋白修饰存在一定的关联。

组蛋白作为基因转录的坐标

基因的表达依赖于转录过程中RNA聚合酶II的不同功能，根据功能的不同将转录分成了3个阶段：1.转录起始、2.延伸、3.终止。那么问题来了，RNA聚合酶II是如何识别基因不同的位置信号来执行不同的功能的呢？

在真核生物中，基因组被组装在核小体内，而核小体又由组蛋白八聚体组成（H2A、H2B、H3、H4）；组蛋白的N端氨基酸通常会经过多种的翻译后修饰（PTMs），其中就包括甲基化、乙酰化、泛素化，这些组蛋白修饰把染色质结构和基因表达联系起来。

组蛋白修饰通常由3种酶进行催化：

1. ‘reader’ enzymes 识别需要修饰的位点
2. ‘writer’ enzymes 添加对应的修饰
3. ‘eraser’ enzymes 去除对应的修饰

通过这3种酶的作用，实现基因组上的组蛋白修饰。

通过ChIP-seq、CUT&RUN-seq或者是CUT&Tag-seq能够揭示全基因组范围的组蛋白修饰；但是这里存在一个争论：组蛋白修饰能够指导RNAPII的转录，但反过来RNAPII的活动也能够塑造染色质的 landscape；或者这两者之间存在着反馈调节作用。

众所周知javascript是一门单线程语言，这种设计有效的避免了多线程带来的复杂同步问题。但有时候单线程模式遇到耗时较长的任务时，会拖延整个程序的进度，造成浏览器长时间无响应。为了解决这个问题，js将任务分为两种执行模式：

• 异步模式
• 同步模式

为了获得异步任务得到的结果，最常见的做法是使用回调函数。但是回调函数剥夺了我们使用return和throw的权利，而且代码以一种向右扩展的风格；不利于维护（回调地狱)，还会产生一些回调问题。

• 回调过早（一般是异步被同步调用）；
• 回调过晚或没有回调；
• 回调次数过多；
• 等等

TweenJS允许你以一种平滑的方式来改变对象的属性。所有的动画处理函数都封装成了API，你需要做的仅仅是告诉它哪些属性需要被修改，修改的值的范围，修改所经历的时间、轨迹的选择。

1.快速入门

• 首先给TWEEN对象传递一个对象，里面包含了需要修改的属性
• 传递属性范围值
• 激活TWEEN实例
• 使用主函数进行渲染

Abstract

DNA甲基化是表观遗传中的一种，它能够调控多种生物途径，例如：基因的表达、基因组的稳定性。在植物中对某个位点突变或者使用药物的方法被用来研究DNA甲基化的作用。许多工具就能够直接的对特定位点的DNA甲基化进行操作，从而评估DNA甲基化在特定途径中的直接效应。最近研究者们，通过改造DNA-binding蛋白，实现对甲基化机器的招募，从而改变特定位点的DNA甲基化水平。

使用sgRNAcas9软件包进行基于参考基因组的sgRNA 设计：针对每条给定的query 序列首先搜索NGG的PAM结构，找到对应的motif后，在全基因组范围内评估on-target和off-target值。如果有多条质量比较好的on-targetsgRNA，后面还可以根据基因注释文件筛选那些距离5’端更近的sgRNA。

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代码模块化是进行大型项目的必经之路，通过将代码进行模块化、解耦将功能进行模块化。在C语言中通过include语法，将不同模块的头文件进行重复利用；在javascript中使用module export||require语法实现模块的引入。同样在python中也可以引入自定义模块，简化代码。