为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间。与此同时由于不同数据库之间的信息可能不同步或者术语不一样,这使得信息的检索更加的麻烦。如果让人来做还勉强能查,但是让机器来查询的话一切就会变的无章可循。Gene Ontology(GO)就是为了解决这种问题而发起的一个项目;每一个GO Term都是由7个数字标识这个Term编号,同时还有一个lable标识具体的生物学功能。每个Tern属于一个本体,在GO中有三个ontology它们分别是:

  • molecular function,
  • cellular component
  • biological process

今天要做的就是大批量的根据某个功能的关键字,搜索已经报导的基因对应的序列信息;从而进行Blast找到你所研究的物种中的同源基因。这里以爬取Ethylene关键字为例,分以下三个步骤搞:

  1. 根据关键字爬取GO编号信息
  2. 根据GO编号爬取对应的基因注释信息
  3. 根据基因注释信息爬取基因的序列信息
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Git系列(五)——撤销修改

在Git中“后悔药”可是有好多种的,今天我们就来看看另外的几种“后悔药”

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Git系列(四)——版本回退

我们已经学会了创建和修改文件,那也就是说我们已经生成了很多个版本,这样我们也就可以来学习版本的回退了。

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这篇文章主要讲了如何修改样式,保存样式以及加载样式文件

样式: 就是定义图形、字体、线条等一切可以美化的元素的公式;说人话就是:你定义好一个公式A,A中定义线条的颜色是红色;现在画图的时候你需要美化一个线条;就直接使用这个公式;线条就变成了红色;这样说的话样式也就相当于一种画图的风格。

matplot支持两种修改样式的方式:

  • 使用样式表
  • 使用rcParams
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Git系列(三)——文件的修改及提交

文件的创建以及上传我们已经搞定了,现在我们需要对我们的文档进行修改,这些该如何进行呢,我么这就来学习一下。

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Git系列(一)——Git的简介及安装

众所周知(跟计算机打交道多的),Git是一个很先进的版本控制系统,但其实不瞒你们知道,它是目前世界上最先进的分布式版本控制系统(没有之一)。所以说,还在等着什么,快跟着小编一起来轻松愉快的学习Git吧。

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在看了一遍vue-element-admin的源代码后,自己试着按照这个项目中的思路去构建前端单页面应用。在构建的过程中学习了vuex进行组件间的状态管理、学习了他项目的目录结构设计以及对应的思路;进一步优化了前端路由的设计。

在写用户登录登出API时,使用到了session/cookie的知识,利用后端服务器保存用户信息在session中。

项目展示网址 :http://cotton.hzau.edu.cn/web/#/home

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手把手教你搭建JBrowse-初始化应用

JBrowse是GMOD开源项目中的一个基因组浏览器,所谓的基因组浏览器,字面意思就可以理解成一个网页应用。可能每个生物信息分析的同学电脑内都会安装一个IGV,用于对高通量测序数据的可视化。其实JBrowse也就是相当于把IGV,搬到了服务器内,把庞大的测序数据存储在服务器内,借助于快速发展的web技术;使得我们能够通过仅仅发送一个网页链接就能够与他人共享或者讨论课题。

本文搭建JBrowse应用访问链接: http://cotton.hzau.edu.cn/tools/jbrowse/

吃瓜

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