【未完待续】Plink简单使用

Plink

Plink是一款开源的，用于全基因组关联分析的工具集；它一般用于对基因型数据进行基本的操作。
以下是记录了关联分析中常见的一些操作

提取指定SNP的坐标信息

1. 基于SNP id进行提取

--recode 将会提取SNP的信息生成对应的map和ped文件
--extract 则可以进行多个SNP信息的批量提取，后面接一个SNP id的文件

#* 提取单个SNP信息
plink --bfile genotypeFile --snp SNP1 --recode --out test
#* 批量提取多个SNP信息
plink --bfile genotypeFile --extract SNP.txt --recode --out test

2. 基因染色体坐标进行提取

提取指定基因组范围的SNP信息，使用--extract range 范围文件名；范围文件中包含四列信息分别是

1. 染色体编号（可能是数字）
2. 起始位置
3. 终止位置
4. 区域的label（随便起名字）

#* 提取指定范围的SNP信息
plink --bfile genotypeFile --extract range local.txt --recode --out test

计算任意两个SNP之间的连锁度

plink --bfile genotypeFile --ld SNP1 SNP2