指导植物RNA聚合酶II转录的‘GPS’

组蛋白翻译后的修饰，通过调节转录过程中RNA聚合酶II的动态变化，塑造了基因的表达图谱。转录分为转录起始、延伸和终止等阶段，在植物中能够标识特定转录阶段的组蛋白修饰仍旧比较模糊。通过CHIP-seq技术，能够得到全基因组上组蛋白修饰的分布；并且发现了一些能够指导RNAII转录的基因组位置信号（GPS）。同时阐明了一些组蛋白修饰因子（readers、weiters、erasers），在基因表达和生物学上的作用。在不同的转录阶段，RNAPII有着不同的功能，这可能与组蛋白修饰存在一定的关联。

组蛋白作为基因转录的坐标

基因的表达依赖于转录过程中RNA聚合酶II的不同功能，根据功能的不同将转录分成了3个阶段：1.转录起始、2.延伸、3.终止。那么问题来了，RNA聚合酶II是如何识别基因不同的位置信号来执行不同的功能的呢？

在真核生物中，基因组被组装在核小体内，而核小体又由组蛋白八聚体组成（H2A、H2B、H3、H4）；组蛋白的N端氨基酸通常会经过多种的翻译后修饰（PTMs），其中就包括甲基化、乙酰化、泛素化，这些组蛋白修饰把染色质结构和基因表达联系起来。

组蛋白修饰通常由3种酶进行催化：

‘reader’ enzymes 识别需要修饰的位点
‘writer’ enzymes 添加对应的修饰
‘eraser’ enzymes 去除对应的修饰

通过这3种酶的作用，实现基因组上的组蛋白修饰。

通过ChIP-seq、CUT&RUN-seq或者是CUT&Tag-seq能够揭示全基因组范围的组蛋白修饰；但是这里存在一个争论：组蛋白修饰能够指导RNAPII的转录，但反过来RNAPII的活动也能够塑造染色质的 landscape；或者这两者之间存在着反馈调节作用。

组蛋白修饰确立了RNAPII所处的时期

RNAPII在启动子区域的转录起始位点（TSSs），启动基因的转录；在完成转录起始之后，RNAII开始进入到gene body区域延伸新和成的RNA链，在刚开始进入gene body区域时RNAPII的移动速度会放缓，这一阶段也被称为（early elongation）；之后RNAPII 开始继续合成RNA（elongation）；在经过基因3’端的多聚腺苷酸位点时RNAPII的速度在一次放缓，协助转录的终止。

与此同时在转录的过程中还有一些共转录事件在进行着，例如 5’加帽，剪切、多聚腺苷酸化。那么RNAPII又是如何在对应的位置进入正确的阶段呢？有趣的是，通过CHIP-seq数据分析发现，组蛋白修饰的出现与不同的转录时期存在一定的关联，因此基因区域的组蛋白修饰可能是指导RNAPII进行正确转录的一种位置信号。